Compare con questo nome in una pergamena del 1138 con la quale il Patriarca Pellegrino di Aquileia concesse in usufrutto al monastero di San Cipriano di Murano una vasta area del territorio di Musestre; solo da allora infatti San Cipriano cominciò a chiamarsi con questo nome mentre fino a quel momento era stata chiamata “Musestre di Sopra”.
In seguito alle continue inondazioni del Piave nel territorio di Vallio, San Cipriano si popolò acquistando progressivamente sempre più importanza; nel 1432 il rettore della chiesa, Giovanni da Portogruaro,riuscì a strappare il titolo di Pieve a San Nicolò di Vallio ed a farlo assegnare alla chiesa di San Cipriano.
Negli anni ’50 fu deciso di abbandonare la vecchia chiesa ormai cadente e costruirne una più moderna al centro del paese che fosse un punto di riferimento e di ritrovo più accessibile alla comunità.